ทุกอารยธรรม มีช่วงเวลาแห่งความรุ่งโรจน์และก็มีเวลาแห่งความร่วงโรยในตัวของมันเอง แต่ไม่มีอารยธรรมไหน และแทบไม่มีวัฒนธรรมใดๆเลยที่เลือนหายไปจากกาลเวลาเช่นวัฒนธรรมชาวมายันที่เลือนหายไปพร้อมๆกับจักรวรรดิ์มายาซึ่งได้สั่งสมวัฒนธรรม, ภูมิปัญญา และวิวัฒนากการทางการเกษตรมากว่าศตวรรษหลังการล่มสลายของจักรวรรดิ์  เกิดอะไรขึ้นกับนครโบราณแห่งนี้  จากหลักฐานที่ค้นพบล่าสุด การหายไปของวัฒนธรรมมายา ไม่ได้เลือนหายไปเพราะภัยธรรมชาติต่างๆเช่น ภูเขาไฟระเบิด, แผ่นดินไหว  หากแต่เกิดจาก การเปลี่ยนแปลงของสภาพภูมิอากาศ ซึ่งอาจทำให้ชาวมายาเก็บข้าวของและอพยพย้ายถิ่นมุ่งหน้าสู่ชายทะเล

ในช่วงศตวรรษที่ 19 เมื่อนักสำรวจได้ค้นพบ ซากปรักหักพังในป่ารก แห่ง นครที่สาบสูญ ได้มีการตั้งทฤษฎีแห่งการล่มสลายขึ้นมามากมาย ไม่ว่าจะเป็นการล่มสลายจาก การระเบิดที่รุนแรงของภูเขาไฟ, แผ่นดินไหว หรือ พายุที่รุนแรงมาก หรือไม่ก็เกิดจากโรคระบาดร้ายแรงที่แพราระบาดอย่างรุนแรงในวงกว้าง  แต่ในปัจจุบัน เหล่านักวิทยศาสตร์ต่างมีความเห็นโดยทั่วไปว่า มีหลายปัจจัยที่ทำให้อาณาจักรมายาล่มสลายลง เมื่อนำปัจจัยทั้งหมดมารวมเข้าด้วยกัน ไม่ว่าจะเป็น การมีประชากรล้นเมือง, สงคราม, ความแห้งแล้ง ปัจจัยที่เป็นไปได้มากที่สุดก็คือ การเปลี่ยนแปลงด้านสภาพภูมิอากาศ

นักวิทยาศาสตร์ใช้วิธีการศึกษาแนวใหม่เกี่ยวกับสภาพภูมิอากาศในช่วงที่ อาณาจักรมายา รุ่งเรื่อง โดยเปรียบเทียบจากอัตราการงอกของ หินงอก หินย้อย ภายในถ้ำ โดยได้อธิบายว่า หินงอกหินย้อยเหล่านี้ จะงอกเพิ่มอย่างรวดเร็วในปีที่มีปริมาณฝนมาก ซึ่งสามารถตรวจสอบความผันผวนของสภาพภูมิอากาศย้อนกลับไปได้ถึงสองพันปี  ซึ่งพบว่า ในช่วงยุคต้นๆของอาณาจักรมายานั้น มีฝนตกเยอะเป็นพิเศษ ซึ่งมีปริมาณน้ำฝนมากกว่าเมื่อหนึ่งพันปีที่ผ่านมา ซึ่งทำให้ ชาวมายา สามารถดำรงชีพอยู่ได้ด้วยการทำการเกษตร

ช่วงทศวรรษที่เมืองมายามีทรัพยากรน้ำที่สมบูรณ์ที่สุด ซึ่งน่าจะอยู่ในช่วงระหว่าง ค.ศ. 440 ถึง 660 เป็นช่วงที่มีการเจริญเติบโตของอาณาจักรเป็นอย่างมาก มีเมืองน้อยใหญ่เกิดขึ้นมากมาย และเป็นช่วงที่สภาวะทางการเมือง สถาปัตยกรรม และ ศาสนา เจริญสูงสุด

แต่ความสมบูรณ์ของทรัพยากรน้ำในช่วงสองร้อยปีกลับต้องมีการเปลี่ยนแปลงไป เมื่อสภาพภูมิอากาศเกิดการเปลี่ยนแปลง ทำให้เกิดช่วงเวลาแห่งความยากลำบากตามมา ซึ่งระบบทั้งหมดของชาวมายันนั้นถูกวางเอาไว้ให้สัมพันธ์กับรูปแบบของฤดูฝน  เมื่อฤดูฝนเปลี่ยนแปลงไปพวกเขาก็ไม่สามารถช่วยเหลือตัวเองได้ ต่อมา เริ่มตั้งแต่ ค.ศ. 660 ถึง 1000 ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่แสนลำบาก อากาศแห้งแล้ง ไม่สามารถทำการเกษตรได้ ก่อให้เกิดความขัดแย้งเกิดขึ้นภายในสังคม

ระบบการเมือง และ ศาสนาของชาวมายันนั้น ตั้งอยู่บนความเชื่อว่า ผู้ที่เป็นผู้ปกครองอาณาจักรสามารถสื่อสารโดยตรงกับเทพเจ้าได้ แต่เมื่อฝนแล้งซึ่งหมายถึงความล้มเหลวในการติดต่อกับเทพเจ้าเพื่อขอให้ฝนตกและมีผลผลิตทางการเกษตรที่ดี ความตึงเครียดภายในสังคมจึงก่อตัวขึ้น

จากการศึกษาหินงอก หินย้อย พบว่า ในช่วง ค.ศ. 1020 และ 1100 เกิดความแห้งแล้งเป็นเวลานานในรอบ 2000 ปี ซึ่งจากผลการศึกษาหินงอก หินย้อยนี้ พบว่า ชาวมายาไม่สามารถทำการเพาะปลูกได้ ก่อให้เกิดความคลาดแคลนอาหารอย่างหนัก นำไปสู่การย้ายถิ่นของประชากรจำนวนมาก รวมถึง การล้มตาย 

จนเมื่อชาวเสปนได้บุกรุกเข้ามาในช่วงศตวรรษที่ 16 ประชากรชาวมายันก็ลดลงไปแล้วกว่า 90 เปอร์เซ็นต์ เมืองก็ถูกทิ้งให้รกร้างว่างเปล่าไปเสียแล้วและถูกปกคลุมด้วยผืนป่าเกือบหมด

การล่มสลายลงของ อาณาจักรมายานั้น ไม่ได้เกิดจากวัฏจักรการเสื่อมตามธรรมชาติทั้งหมด  อาณาจักรมายานั้น มีประชากรอาศัยอยู่ถึง สิบล้านคน จึงทำให้ต้องมีการขยายขอบเขตเมืองออกไปเรื่อยๆ ทำให้เกิดการทำลายพื้นที่ป่าขยายตัวออกไปเรื่อยๆ ซึ่งทำให้ความชื้นในอากาศลดลง และทำให้ฝนไม่ตกตามฤดู ทำให้ปริมาณน้ำฝนลดลงอย่างต่อเนื่อง

นักวิทยาศาสตร์ ได้พยายามที่จะแก้ไขความเข้าใจที่ว่า ชาวมายันหายตัวไปหลังจากผู้รุกรานได้เดินทางมาถึง เพราะในความเป็นจริง ยังมีชาวมายันอาศัยอยู่ในพื้นที่ วัฒนธรรมและประเพณีก็ยังคงถูกสืบทอดมาจนถึงปัจจุบัน หากแต่เมืองและประวัติศาสตร์ของชาวมายัน ถูกทิ้งร้างตั้งแต่ผู้บุกรุกชาวเสปนมาถึงและหยุดลง ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ซึ่งเป็นสิ่งที่ผิดปกติ

ในประวัติศาสตร์โลกทั้งหมด เป็นไปได้ยากอย่างยิ่งที่จะพบว่า มีการละทิ้งอาณาจักรที่ก่อตั้งมาเป็นเวลานาน โดยไม่มีการกลับมาอาศัยอยู่ในเมืองเดิม  มีเพียงนครวัดของกัมพูชาเท่านั้น ที่มีลักษณะทางประวัติศาสตร์ใกล้เคียงกัน

ผลจากการศึกษาพบว่า สภาพสิ่งแวดล้อมกลับคืนสภาพหลังจากแห้งแล้งมากว่าศตวรรษ สาเหตุคืออะไร และทำไมชาวมายันถึงไม่ย้ายกลับถิ่นที่อยู่เดิมของตน ซึ่งนักวิทยาศาสตร์ต่างก็ชี้ประเด็นไปที่ การย้ายไปอาศัยอยู่แถบแนวชายฝั่งเพื่อหนีจากความอดอยาก สงคราม ภัยธรรมชาติ ด้วยความเป็นอยู่ที่ดีกว่า ชาวมายันจึงอาจไม่คิดที่จะหวนกลับสู่เมืองเดิมที่เคยอาศัยอยู่ เพราะความเป็นอยู่ที่สบายขึ้นในพื้นที่ใหม่แห่งนี้นั่นเอง

กลุ่มนักวิทยาศาสตร์กล่าวเพิ่มเติมว่า หากมองย้อนกลับไปยังยุคของชาวมายันโบราณ สภาพอากาศที่แห้งแล้งที่เกิดจากการทำลายป่าในอดีตซึ่งไม่ต่างจากการทำลายป่าในปัจจุบันเพื่อทำก่อสร้างเมืองและกสิกรรมที่ก่อให้เกิดสภาวะโลกร้อนที่ทำให้อุณหภูมิโลกสูงขึ้นเรื่อยๆในปัจจุบัน ทำให้ตระหนักได้ว่าเราเองก็กำลังเสี่ยงและตกอยู่ในโชคชะตาเดียวกันกับที่เกิดขึ้นกับชาวมายันมาแล้ว